内閣総理大臣の任命権について様々な意見が出ているようですが、当方の個人的見解について述べてみたいと思います（法学素人の意見ですので、ご注意をｗ）。
まず、恐らく内閣府や内閣官房で混同してるであろう（何故なら「日本学術会議の会員は非常勤の国家公務員だ、だから任命拒否はできる」と当初言ってたらしいので）、任命権及び任命権者の関係について、分かり易い国家公務員の任命を例にして考えてみたい。
官僚などの国家公務員採用を短く書けば、
採用試験合格→採用「候補者名簿」作成
→各省庁の大臣が名簿登載者から採用者を自由に決定し、任命
つまり、提示されてる名簿はあくまで「候補一覧」に過ぎず、そこから誰を任命するかは、任命権者である大臣の一存で自由に決められる、ということである。
これを日本学術会議の場合で並べてみると、
日本学術会議内の選考合格→「会員推薦者名簿」作成
→内閣総理大臣が任命
ということで、総理は任命権者なので「名簿から自由に選べるはずだ」とのクソ論法ではないかと想像。
これがデタラメ論法であることを述べてみたい。
まずは、「任命権者」とか「候補者名簿」などの誤解・混同の元になってると思われる国家公務員の制度から。
１）国家公務員法ではどうなっているか
次の条文による。
国家公務員法 第五十五条
任命権は、法律に別段の定めのある場合を除いては、内閣、各大臣（内閣総理大臣及び各省大臣をいう。以下同じ。）、会計検査院長及び人事院総裁並びに宮内庁長官及び各外局の長に属するものとする。これらの機関の長の有する任命権は、その部内の機関に属する官職に限られ、内閣の有する任命権は、その直属する機関（内閣府を除く。）に属する官職に限られる。ただし、外局の長（国家行政組織法第七条第五項に規定する実施庁以外の庁にあつては、外局の幹部職）に対する任命権は、各大臣に属する。
○２ 前項に規定する機関の長たる任命権者は、幹部職以外の官職（内閣が任命権を有する場合にあつては、幹部職を含む。）の任命権を、その部内の上級の国家公務員（内閣が任命権を有する幹部職にあつては、内閣総理大臣又は国務大臣）に限り委任することができる。この委任は、その効力が発生する日の前に、書面をもつて、これを人事院に提示しなければならない。
第五十六条
採用候補者名簿による職員の採用は、任命権者が、当該採用候補者名簿に記載された者の中から、面接を行い、その結果を考慮して行うものとする。
簡単に言えば、55条１項で、任命権は各大臣（や機関の長）に属しており、採用候補者名簿から大臣が好きに選べる（56条）という意味合いである。
また大臣の任命権は、部下である上級公務員に権限が委任されており、大臣が採用試験をやらずに済む、ということ。
いちいち大臣が全員を面接なんかできないでしょ？
大事な点は、大臣権限が部下に委任されてる場合には法律に規定がある、ということだ。橋下徹みたいな輩の言う「首長の部下がやるのが当然」などの暴論ではなく、そういう場合であっても任命権の委任が条文に書かれている、というのが法的根拠のある理由なのだよ。
役人が勝手に大臣（首長）権限を行使できる立場にあるわけじゃないってこと。
小括１
・採用候補者名簿の中から、大臣（実質的には部下たる採用担当者）が自由に選べる
・大臣権限の委任が条文によって規定されている（ので、部下が選んでよく、採用者を任命する時だけ大臣のハンコで任命が確定する）
２）各省庁大臣の任命行為（権限）は、設置法に書かれていない
ここでも例で見てみよう。財務省の場合だと、
財務省設置法 第三条
財務省は、健全な財政の確保、適正かつ公平な課税の実現、税関業務の適正な運営、国庫の適正な管理、通貨に対する信頼の維持及び外国為替の安定の確保を図ることを任務とする。
こうなっているだけで、財務省の長たる財務大臣がどうして新しい国家公務員を任命できるのかは、任務の条文上ではあまり明確ではない。
ただ、職員の採用、任用や昇任等の差配というのが、「財務省は、～」以下の任務（事務）に関することなので、「やっていい」ということであろう。
4条の「所掌事務」一覧でも、「国家公務員の任命」に関する条文は出てこない。
けれど、現実には財務大臣が任命権を行使してるわけだから、任務の一部と見做してよいだろう。
小括２
・行政組織の任務（＝大臣に与えられた権限）の条文からは、任命権行使の根拠というのは明示的ではないが、任務に含まれていると考えてよいだろう。
３）会員候補者選定の権限は日本学術会議法の３条に含まれる
前項で見たように、各省庁設置法には組織を構成する職員の任命権が「任務」や「所掌事務」の条文上では明確に登場してこないが、大臣権限として認められていることから、含まれると考える（小括2）としたので、これを日本学術会議法で見てみる。
第三条 日本学術会議は、独立して左の職務を行う。
一 科学に関する重要事項を審議し、その実現を図ること。
二 科学に関する研究の連絡を図り、その能率を向上させること。
実際、日本学術会議で会員候補を推薦する権限が認められてきたので、職務の一部と考える以外にはないだろう。
すると、推薦書の作成という行為に対しても「独立して左の職務を行う」は適用されると言える。外部からの干渉を受けない、と、そういう意味である。
小括3
・会員候補選定の権限は３条に含まれるとみなしてよい
・条文の「独立して」は選定行為にも適用される
４）日本学術会議法３条の「独立して」とは、どのような立法趣旨か
専門家があまり説明を出してこないので、当方が素人考えを出すことにしましたよｗ
参考となる国会答弁が次の部分。
第2回国会 衆議院 文教委員会 第21号 昭和23年6月30日
○高津正道 委員長代理
第三條の第一項「日本学術会議は、独立して左の職務を行う。」と書いてありますが、この「独立して」というのはどういう意味であるか。第十六條には「日本学術会議に、事務局を置き、翌本学術会議に関する事務を処理させる。」とあります。その事務局は官吏がやるという政府の説明であるが、そうすれば独立してやるといつても、官吏がずつとやつておるのであつて「独立して」というのはどういう意味であるか、その点をお伺いしたいと思います。
○清水勤二政府委員（文部事務官）
日本学術会議は、第一條第二項にありますように、内閣総理大臣の所管になつております。しかし学術のことにつきましては、この日本学術会議が各省の制肘を受けないで、独立した形において自由にその職務を行うという考えでございます。もちろん第十六條にありますように間接のものでございますから、事務局は官吏がこれを行うのでございますけれども、その職務につきましては、政府各省の制肘を受けないというような建前と考えます。
ここでのポイントは、内閣総理大臣の所管になっているが、「政府各省の制肘を受けない」というのが建前である、と。
前項小括3で見たように、会員推薦（当時は会員選挙）は３条の職務の一部をなすので、これが「政府（各省）の制肘を受けない」というのが原則だということだ。
５）日本学術会議の会員候補者推薦書から総理が自由に任命者を選べるか
問題となっているのが、これですね。
日本学術会議法の条文上からは任命することは分かるが、落とすことができるのかは定かではない。
83年政府答弁では、形式的任命に過ぎないので（選挙から推薦に変えても）大丈夫だ、という説明だった。
根本的な論点としては、総理の任命権が部下に委任されていないので、内閣官房の幹部らが総理に提示する前に推薦書から任意で会員を振り落とす行為は、確実に違法である。
もし仮に任命権者たる総理が任命権を行使できるとしても、それが唯一許されているのは総理自身であって、官房長官や内閣府官房長などといった部下（上級公務員）ではない。
この点が小括１で見たように、「国家公務員採用の任命権」行使と混同しているのではないかとしか思えないわけである。
日本学術会議から正式な推薦書が上がってきてしまうと、任命権者の総理が83年答弁の通りに「形式的任命」をする以外にはなく、それは83年改正時の趣旨がそうだったとしか考えられないだろう。
また04年改正以後、学協会推薦から会員推薦に変更されたが、この改正も日本学術会議内部の手続き変更であって、総理の任命権に変更は及ばない。
日本学術会議法3条の「独立して」の趣旨を法改正で変更するなら話は別だが、これまでの法改正の趣旨説明でそうした政府方針が示されたことはない。
従って、形式的には「任命権者は総理」なので国家公務員の任命権と類似の権限行使が可能な解釈はあり得るかもしれないが、現実には発動されたことがなかったわけである。
天皇の大臣その他公務員の任命と似ており、拒否権が行使されたら大問題となるのは当然である。任命行為が「形式的なもの」と国会でも確約してきた政府が、それを無視して解釈を変更したとなれば、国会への説明責任を踏みにじったのと同じだからだ。
たとえ内閣総理大臣の任命権が「発動可能」であるとしても（解釈を変更すればよい）、事実上それが許されてこなかったというのが、日本学術会議法を巡る背景であろう。長期渡る慣習は、十分「法源たりえる」はずだが、これを一顧だにしない無法国家・違法三昧政権は尋常ではないな。
最後に、日本学術会議がどういう思いで設立されたのかが分かる答弁があったので、紹介しておきたい。
第2回国会 衆議院 文教委員会 第12号 昭和23年6月19日
○森戸辰男 國務（文部）大臣
この法案は、わが國の新学術体制の立案、企画を目的として昨年八月結成せられました学術体制刷新委員会におきまして、約七箇月にわたり愼重審議を重ねた成案をもとといたしまして、ほとんどこれを変更することなく、政府において立法化したものであります。この意味におきまして、本法案は、わが國科学者の総意を反映して民主的に立案された眞に歴史的なものと称し得るのでありまして、日本学術会議の成立は、全國科学者の切望するところであると信じます。
当時の学術界でよく吟味し、科学者たちの総意でほぼ変更なく立案されたはずの日本学術会議法が、今では軽んじられてしまうようになったということだ。
それにこの団体設立のアドバイスしてたのは、当時の米国の科学者団体だったのですがねえ。
愚か者たちが支配側に都合よく改変を迫るというのが、よく分かることでしょうｗ
弱体化させるには、障害となる部分を取り除けばよいのさ。
基本原則を破壊することで、それも容易になるのだよｗ
